万方查重系统在识别参考文献时，通常会采用文献匹配技术和相似度比对算法。首先，系统会对上传的论文进行分析，提取其中的参考文献信息，包括文献标题、作者、出版时间等关键信息。然后，系统会与万方数据库中的文献进行比对，利用文献相似度算法来判断是否存在重复或抄袭行为。系统还会考虑文献的引用格式、文献内容等因素，综合判断论文中的参考文献是否符合学术规范。通过这些技术手段，万方查重系统能够较为准确地识别论文中的参考文献，帮助用户提高学术写作质量。

除了文献匹配技术和相似度比对算法，万方查重系统还可能采用自然语言处理技术和机器学习算法来识别参考文献。通过对文本内容进行语义分析和语法解析，系统可以更加深入地理解论文中的参考文献信息，进一步提高识别的准确性。同时，系统可能会结合用户反馈和专家审核等方式，不断优化算法模型，保障查重结果的准确性和可靠性。综上所述，万方查重系统在识别参考文献时综合运用了多种先进技术手段，为用户提供高效、精准的查重服务。